安徽农业大学植物保护学院的前身是1960年设于原农学系的植物保护专业，1973年独立建系。学院先后创设农业环境保护专业（环境工程专业）、应用微生物专业（生物技术专业）、环境科学专业、生态学专业、动植物检疫专业。2004年经学校院系、学科调整后更名为植物保护学院。

　　学院现有植物病理学系、昆虫学系和生物安全系三个系，一个植物保护省级实验实训示范中心，应用微生物和昆虫资源利用2个研究所，省病理学会和昆虫学会理事长单位。植物病理学、农业昆虫与害虫防治和农药学（共建）3个省级重点学科；植物保护一级学科及农业昆虫与害虫防治、作物安全生产（共建）、农业微生物学（共建）等4个博士学位授权点；植物保护学一级学科硕士授权点以及植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、农药学（共建）等3个二级学科硕士学位授权点。现有农业农村部农作物品种审定特性鉴定站、农业农村部安徽省迁飞性害虫雷达监测站、植物病虫害生物学与绿色防控安徽普通高校重点实验室、作物有害生物综合治理安徽省重点实验室、安徽省主要农作物品种抗病性研究与鉴定中心、安徽省农产品安全重点实验室（共建）、安徽省植保技术培训中心等省部级平台。学院现有植物保护、动植物检疫2个本科专业，1个本科实验教学中心，植物保护专业为国家特色专业和省一流专业，动植物检疫专业为安徽省综合改革示范专业。

　　学院现有教职工57人，教学科研人员45人，其中教授17人，副教授16人，博士学历教师45人，博士生导师7人，省级“115”产业团队1个，省级教学团队1个,安徽省学术及技术带头人(后备人选)4人，安徽省产业技术体系岗位4人，安徽省教学名师3人，省级教坛新秀2人，享受省政府津贴1人，省委领导联系专家1人，全国模范教师1人，全国优秀科技工作者1人，安徽省先进工作者1人，省模范教师、省优秀教师、省师德先进个人3人。

　　学院立足研究教学型的办学定位，坚持“安康天下 崇学事农”院训，秉承严谨求实的学风和团结创新的作风，努力彰显我校传统学科的优势与特色。五十多年来，学院培养了一大批植物保护高级技术人才。其中，博士和硕士毕业生500余人，本专科毕业生6000余人，为我省以及国家现代农业发展做出了重要贡献。