农学院前身为农学系。创建于1959年6月，1996年6月撤系建立植物科技学院，2008年9月更名为农学院。现下设作物系、植物保护系、农业资源与环境系、农学基础系、农业科研所和水稻研究中心等教学和科研机构。拥有1个国家级实验教学示范中心(含4个本科生教学实验室、1个大学生创新创业平台），1个国家农科教合作人才培养基地，2个农业农村部重点实验室，5个国家级科技小院，15个省部级科研平台。

1959年8月开设农学本科专业，1988年后相继增设植物保护、园艺、园林、农业资源与环境、水土保持与荒漠化防治、环境科学、种子科学与工程等7个本科专业。经过学院重组、专业调整后，目前招生专业为4个，其中农学专业为国家一流专业建设点、国家级特色专业、国家综合改革试点专业和省级重点专业；植物保护专业为国家一流专业建设点、省级重点专业；农业资源与环境和种子科学与工程专业为省一流专业建设点；农学、植物保护和农业资源与环境专业为国家卓越农林人才教育培养计划改革试点项目实施专业。

学院现有寒地作物学博士后科研流动站1个。具有博士或硕士学位授予权的一级学科3个、专业学位领域2个。作物学一级学科为省级重点学科、博士和硕士学位授予权点，植物保护、农业资源与环境等2个一级学科为硕士学位授予权点，拥有农艺与种业、资源利用与植物保护等2个农业硕士专业学位领域。

全院现有专兼职教职工118人，其中正高级职称29人、副高级职称34人，具有博士学位74人，博士生导师24人，硕士生导师72人。拥有双聘院士1人，全国优秀教师1人，青年龙江学者1人，黑龙江省模范教师1人，省师德师风先进个人2人，省劳动模范1人，省五一劳动奖章获得者1人。作物学团队和植物病理学团队为省级领军人才梯队。现在校本科生1553人，全日制硕士研究生352人，非全日制硕士研究生19人，博士研究生44人，寒地作物学博士后科研流动站在站博士后28人。

建院以来，为国家培养本专科毕业生17400余人，博士和硕士研究生1120余人。学院共取得科研成果440余项，其中80余项获得省部级以上科技成果奖（黑龙江省省长特别奖3项），240余项获得厅（局）级以上科技成果奖。特别是2019年“农作物种质资源引进创新与高效利用”获得黑龙江省科技进步一等奖；2020和2021年两年获得3项黑龙江省科技进步二等奖。目前农学院承担的各类科研课题100余项。水稻、玉米、大豆、马铃薯、杂粮、植保和资环等研究团队长期奋战在垦区和地方进行社会服务。近年来，农学院荣获了黑龙江省“工人先锋号”“黑龙江省教学管理质量奖”“黑龙江省科技成果推广工作先进集体”等多项荣誉称号，并连续4年获得“黑龙江八一农垦大学就业工作先进集体”，2022年获得校师德师风先进集体。

学院经过多年探索实践，确立了“三结合、两贯通、两强化”的卓越复合应用型人才培养模式，与国内多家大型企业及农场建立了院企合作关系。学院积极参与我校与垦区和地方共建“建三江水稻产业创新研究院”、“九三大豆产业创新研究院”、“大庆农业设施研究院”和“安达市农业科技示范园区”等科技创新基地，现建有校内外实验实习基地60余个。实行“全员育人，全程服务”的就业工作体制。近年来，注重学生创新创业能力培养，获批省级及以上大学生创新创业训练计划项目118项，学生参加“互联网+”“挑战杯”等创新创业大赛，获得国家级大赛银奖3项、铜奖6项，省级大赛金奖19项、银奖49项、铜奖27项。各专业毕业生就业率持续保持在93%以上，近3届毕业生考研率均在40%以上。