园艺与植物保护学院组建于2018年，学院历史可追溯到 1952年。新中国成立不久，在党中央亲切关怀下，国家抽调北京农业大学、河北农学院、山西农学院等院校优秀教师支援内蒙古建设，组建内蒙古畜牧兽医学院，同时开始筹备蔬菜学、果树学和植物保护学等专业。1958年开始招收植物保护、果蔬等本科专业。

目前，拥有园艺学和植物保护学2个一级学科博士学位授权点，农艺与种业和资源利用与植物保护2个专业学位授权点。学院现有园艺学1个自治区级“双一流建设学科”；蔬菜学和果树学 2 个自治区级重点学科和农业昆虫与害虫防治 1 个自治区级重点培育学科。拥有“内蒙古自治区野生特有蔬菜种质资源与种质创新重点实验室”、“生物农药创制与资源利用自治区高等学校重点实验室”（培育建设）、“内蒙古自治区设施园艺工程技术研究中心”和“内蒙古自治区寒旱区作物保护工程技术研究中心” 4 个省级科学研究平台，1个国家级中职教师设施农业生产技术培训基地，1个中蒙俄设施园艺产业科技创新研究院；建有“作物土传病害微生态调控院士工作站”和“草原昆虫研究中心”（与中国科学院共建）。

学院现开设园艺（国家级一流专业建设点、自治区级品牌专业）、植物保护（国家级一流专业建设点，自治区级品牌专业）和设施农业科学与工程3个本科专业。现有教职工71人，其中教授21人，副教授17人，高级实验师3人；博士生导师16人，硕士生导师33人，已取得博士学位教师50人；现有特聘院士2人(中国科学院院士和荷兰皇家科学院院士各1名)，全国优秀农业科技工作者1人，自治区有突出贡献的中青年专家1人，自治区新世纪“321”人才工程10人，自治区教育厅“111”人才工程3人，自治区“草原英才”7人，自治区“草原英才”团队1个，国家产业技术体系岗位科学家2人，自治区级教坛新秀1人。

学院已形成学历层次、职称、年龄结构合理而稳定的师资队伍。目前承担着国家自然基金项目、国家863、973 、科技支撑计划项目、公益性行业（农业）科研专项经费项目、国家重点研发计划等共计 80 余项，与中国科学院、中国农科院、中国农业大学等科研院所有着密切的科研合作关系，并与美国、日本、德国、荷兰、西班牙等国相关科研院所建立了良好的合作关系。

学院秉承教学、科研、生产、社会服务相结合模式，现已培养农业科技人才4000多名，其中有杰出的中国科学院院士康乐院士以及全国科研院所大专院校的学者专家和各行各业杰出的带头人管理者，遍及全国各地、为国家及自治区经济社会发展做出了巨大贡献。