交通运输工程学院成立于2010年8月，下设地质工程系、交通工程系、地下工程系、铁道工程系、教学事务中心、学科建设办公室、科研事务中心、实验管理中心。现有本科专业5个：地质工程、交通工程、城市地下空间工程、铁道工程和防灾减灾科学与工程。其中，地质工程专业源自1953年设立的水文地质与工程地质专业(中专)，2006年获批江苏省品牌专业，2012年获批江苏省重点专业类专业，2019年获批江苏省品牌专业（一流本科专业建设点），2021年通过了国际工程教育专业认证；交通工程专业源自1999年设立的土木工程专业(交通土建方向)，2002年设立交通工程专业，2018年通过国际工程教育专业认证，2019年获批江苏省品牌专业（一流本科专业建设点），2020年获批国家一流本科专业建设点；城市地下空间专业源自1995年设立的建筑工程专业(岩土工程方向)，2007年设立城市地下空间专业，2012年获批江苏省重点专业类专业，2020年获批国家一流本科专业建设点，2021年国际工程教育专业认证申请受理；铁道工程专业源自2011年设立的交通工程(轨道交通)专业，2018年设立铁道工程专业；防灾减灾科学与工程专业2022年获批，同年开始招收本科生，该专业为应急管理类专业。

　　学院涵盖土木工程、交通运输工程、地质资源与地质工程3个一级学科，拥有岩土工程二级学科博士学位授予权点、地质资源与地质工程一级学科硕士学位授予权点、交通运输工程专业硕士学位授予权点。其中，岩土工程学科为江苏省重点学科（2006），岩土工程学科梯队为江苏省优秀学科梯队。与其他学院共同拥有土木工程博士后流动站、土木工程一级学科博士、硕士学位授予权点(共建桥梁与隧道工程、防灾减灾工程及防护工程2个二级学科博士、硕士学位授予权点)、土木水利工程专业硕士学位授予权点、资源与环境工程专业学位硕士授予权点。2018年获批智慧城市与智能交通交叉学科博士、硕士学位授予权点（牵头共建）。交通运输工程学院已经形成了完整的学士、硕士、博士、博士后人才培养体系。现有全日制本科生1100余名，全日制硕士、博士研究生420余名。