南京大学教育学科的历史可追溯至1918年创立的南京高等师范学校教育专修科。1982年南京大学在教务处设立高等教育研究室，教育学科得以复建。1986年高教室升格为系所级建制，1987年更名高等教育研究所。2002年成立教育科学与管理系，高教所作为校级研究所仍然保留。2009年教育科学与管理系改建为教育研究院。学院现设有高等教育研究所、课程与教学研究所、教育经济与管理研究所3个校级研究所，并与江苏省教育厅、江苏省考试院、南京市教育局，合作共建扬子江教育智库、江苏教育名师发展研究中心、江苏省教育考试中心等智库与研究机构，南京大学高等教育研究与评价中心挂靠在教院。

经过多年建设，教院在高等教育学、课程教学论、教育经济与管理等研究领域形成一定特色与优势。目前拥有完整的教育学硕士、博士培养体系，拥有教育学一级学科硕士点、博士点，在第五轮学科评估中，南京大学教育学科获得良好成绩，在C9高校中排名靠前。2019年成立陶行知教师教育学院，率先在高水平综合性大学开展师范教育，致力于培养中小学卓越学科教师。2023年，教院牵头实施“国优计划”，依托南京大学数、理、化、生基础学科的强劲学科实力及优质生源，与外国语学院、大学外语部、物理学院、匡亚明学院等院系共享师资，探索高水平综合性大学举办高质量教师教育的新模式。