1979年上海交大建立了生物医学工程专业，是全国最早建立生物医学工程专业的大学之一，1981年获硕士学位授予权，1990年获博士学位授予权，1998年建立博士后流动站，2002年被评为国家重点学科。四十多年来，上海交大生物医学工程专业的工作者们以“敢为人先，追求卓越”的精神作为指引，在科研、教学、产品研发等领域取得了一系列卓越的成就，在2004、2008年、2012年、2016年国家一级学科评比中一直名列前三名。2015年，上海交大生物医学工程专业成为上海交大入选“上海高峰高原学科”（I类）的四个专业之一。

　　2005年上海交大与原上海原第二医科大学“强-强”合并后，将大力发展医-工（理）交叉科学作为主要战略之一。而Med-X研究院于2007年11月的成立，就是这一主战略的一个关键的实施。该院是上海交大“985工程”建设的重要科技创新平台之一，是学校直属的从事医工、医理交叉研究的科研教育机构，以推动交叉性的、转化性的医学研究为核心目标。2011年4月8日，于上海交大建校115周年之际，在整合Med-X研究院与原生物医学工程系的科研和教学资源的基础上，生物医学工程学院正式成立，形成了六个重点建设领域（生物医疗仪器、神经科学与工程、纳米生物材料、医学影像与信息、疾病生物学和系统生物医学）。

　　2015年以来，借助高峰学科建设的契机，学院与闵行区政府共建“医疗机器人研究院”，与上海联影医疗科技有限公司共建“医学影像先进技术研究院”，与徐汇区政府共建“分子与纳米医学创新转化中心”，与南通崇川区政府共建“生物医学工程创新转化基地”。2018年，聚焦学科领域，成立了医学仪器与智慧诊疗平台和分子与纳米医学平台，进一步凝练形成了“两院两平台”的学院新格局。

　　学院成立了由杨广中院士、冯大淦院士等国际知名学者组成的国际学术委员会，以国际标准对引进人员和原有教师进行国际化评估。截至2018年12月31日，学院共有教职工106人，其中专职教师74人。专职教师中正高级职务人员30人，博士学位教师比例约100%、海外博士学位或博士后经历教师比例82.4%。学院现有中国工程院院士1名，中组部“千人计划”4名，“青年千人计划”4名，上海千人1名，教育部“长江学者”1名，青年长江学者1名，国家杰出青年科学基金获得者3名，“973”首席科学家2名，重大科学研究计划首席科学家1名，求是杰出青年学者奖1名，教育部“新世纪优秀人才”3名。

　　学院积极推进“学在生医工”人才培养模式改革，提升育人质量。本科生教学坚持“学科交叉、融合创新”，持续进行课程建设，实施ABET认证、卓越工程师计划、本硕博贯通培养等。研究生培养注重课程建设、学科交叉和国际化交流，连续多年举办“医工交叉博士生论坛”、“上海交通大学－瑞典皇家理工”联合暑期学校、“上海交通大学-瑞士苏黎世联邦理工”联合暑期学校。实施全覆盖的本科生导师制、教授任班主任、创新创业实验室等系列人才培养改革，形成了课堂教学、课外实践、创新竞赛相结合，专任教师、思政教师、校友全员合力育人的模式，多位教师获得“十佳”班主任、最受学生欢迎的教师、凯原十佳教师和科研团队等荣誉称号。2016年底、2017年初先后历史性获得创青春全国大学生创业大赛金奖、市挑战杯一等奖等重大奖项。

　　学院坚持走国际化办学道路，与国外多所著名大学和科研机构开展广泛的科研合作与学术交流,着力培养具有国际视野和国际竞争力的人才。拓展国际化办学渠道，先后与海德堡大学、瑞典皇家理工学院等7所大学签署双学位项目，与约翰霍普金斯大学等6所院校签署暑期交流项目，本科生海外交流覆盖率达50%以上。加强国际科研合作与交流，建成上海交通大学瑞典文化交流中心，与约翰霍普金斯、加州伯克利、瑞典皇家理工、法国矿业、德国海德堡、英国帝国理工、澳大利亚悉尼大学等多所高校和科研机构开展国际科研合作。不断提升学院国际学术影响力，成功举办国际脑卒中高峰会议、国际治疗超声大会、IEEEEMBS国际神经工程大会等顶级国际学术会议。

　　我们的目标是：到2020年，初步形成卓越的创新人才成长体系，学院成为国际学术大师荟萃、优秀青年才俊辈出的人才集聚地；初步形成卓越的创新人才培养体系，国家级教学成果奖、规划教材、市精品课程取得突破、教书育人蔚然成风、“学在生医工”形成特色；初步形成卓越的科技创新与服务转化体系，产生若干国际公认的原创成果，形成若干具有行业影响力的转化技术，国家级科技奖、基地取得突破；生物医学工程学科建成全国顶尖学科，进入世界一流行列。

　　到建校150周年，全面实现建成世界一流学科、世界一流学院、培养世界一流人才的历史性奋斗目标，实现人才培养、科技创新、成果转化的多层次突破，为攻克重大疾病难题、服务创新型国家建设做出突出贡献，为民族复兴、国家富强、人类进步做出突出贡献。