云南农业大学食品科学与工程学科始建于60年代初期，1989年招收本科；1995年成立食品科学部；2001年5月，成立食品科学技术学院。经过60多年建设和发展，已建成本－硕－博贯通及博士后人才培养体系，累计培养本科生9000余人，研究生800余人。目前拥有1个一级学科博士点：食品科学与工程，2022年入选教育部“全国党建工作标杆院系”。学院现有专任教师71人，其中教授24人、副教授23人、博导21人、硕导48人、博士学位87.3%。拥有国家百千万、国家农业产业技术体系岗位科学家、全国师德先进个人、省科技领军人才、云岭学者等各类人才16人。食品科学与工程、动物性食品科学2个省级重点学科；1个一级学科硕士点：食品科学与工程；4个二级学科硕士点：食品科学、农产品加工及贮藏工程、功能食品、营养代谢免疫学；2个专业学位硕士点：专业硕士生物与医药领域、农业推广硕士食品加工与安全领域；5个本科专业：食品科学与工程专业、食品质量与安全专业、葡萄与葡萄酒专业、粮食工程专业和食品营养与健康专业。食品科学与工程、食品质量与安全入选“双万计划”国家级一流本科专业建设点。

    依托云南食物资源禀赋，民族饮食文化特色和面向南亚、东南亚区位优势，主动服务乡村振兴、健康中国、食品安全等国家战略，全面落实云南省“三个定位”和世界一流“绿色食品牌”打造，聚焦高原特色“云品”、食药同源资源和民族特优食品三大资源，形成了食品科学、食品安全、绿色食品加工与生物制造、功能食品与精准营养四位一体的学科方向。拥有食药同源资源开发与利用教育部工程研究中心等13个省部级科研平台，仪器设备总值超1亿元。近5年来承担国家级及地方各类科研课题160余项，到账1.1亿元。在Nature Communication、Journal of Agricultural and Food Chemistry和Biotechnology Advances等国际权威期刊上发表论文445篇，其中SCI/EI收录300余篇（IF≥10，8篇）。获授权专利65项，获云南省科学技术奖励9项（杰出贡献奖1项、特等奖1项、一等奖1项、二等奖2项、三等奖4项），省教学成果二等奖1项。在普洱茶、咖啡、核桃、食用菌、辣木、特色畜产品等研究上，居国际领先水平，已建成具有鲜明的高原和民族特色的国内一流食品学科。相关技术成果在天士力集团、康师傅集团、大益普洱茶等省内外200余家企业推广应用，深入74个县（市区）开展食品安全边疆行专家服务，助力云南食品工业科技创新与转型升级，产业综合效益超过300亿元。